一方面，公积金贷款的申请流程比较耗费时间和精力，包括需要提供个人信息、单位信息以及还需经过银行审批才能获得故而对于有急需购房的人来说，时间成本往往更为重要。
另一方面，公积金的使用条件也是限制购房者的因素之一，比如公积金中的金额必须达到一定的标准才能够申请贷款，而且公积金贷款还有着一些使用前提，比如必须持续缴纳公积金一定的时间等。这些规定对于长期以租代购，存款不够或者是居住在一线城市高房价所带来的经济压力已经难以承受的购房者来说，很难较满足他们的需求。
另外，国家对购房的政策不断调整造成的不稳定的购房环境也使得购房者感到难以接受。购房者在挑选购房方式时一方面要看到银行对公积金贷款的政策调整，另一方面又要考虑是否符合自己的实际情况，不少购房者面对诸多因素，最终就会选择放弃公积金贷款。
最后，在纯理性分析下，一些购房者也会选择商贷而非公积金贷款，因为商业贷款有着更大的自由度和弹性。商业贷款不需要太多的规定和制约，灵活性更强，更适合一些有购房需求而资金情况较为宽裕的人。而且商业贷款更加能够满足购房者独立选择购房面积、楼层、地理位置等的自主权，而公积金贷款的使用条件和额度上则有不少限制。
